L’analyse moléculaire fait notamment partie des procédures mises en place pour le séquençage du génome des virus.
Le Réseau SIDA / MI met à la disposition des chercheurs quatre plateformes technologiques axées sur ce type d’analyse.
 

Surveillance de l’épidémie du VIH au Québec

Méthodes d’analyse moléculaire pour la surveillance de la transmission des virus VIH et VHC au niveau populationnel.

Le Réseau s’appuie sur le matériel fourni par deux cohortes – Primo-infection et VIH - VHC – et le partenariat avec le Programme québécois de génotypage de la résistance du VIH pour mettre au point les méthodes d’analyses moléculaires appropriées.

D’une part, le Programme de génotypage a déployé une infrastructure pour constituer une base de données sur les séquences virales consensus. Il s’agit de créer une base centralisée de données dénominalisées afin de lier les profils phylogénétiques des souches virales aux comportements à risque des participants de la Cohorte primo-infection du Réseau.

D’autre part, une approche similaire vise l’étude de la transmission du VHC à partir des données obtenues par l’entremise de la cohorte VIH-VHC du Réseau.

Les données serviront au développement de méthodes d’analyses mathématiques et des modèles de transmission pour cerner la dynamique de propagation des virus au sein de la population. Les résultats obtenus devraient mener à la mise au point de nouvelles stratégies de prévention des infections par le VIH et le VHC dans la province.
 

Génotypage de la résistance virale

Méthodes d’analyse fondées sur la réaction en chaîne par polymérase (PCR) en temps réel et le séquençage ultrasensible.

Ces méthodes servent à identifier, au sein de la population québécoise, des espèces minoritaires arborant les mutations primaires associées à la résistance des souches de type B et non-B du VIH.

Les études visent à déceler la présence de ces espèces minoritaires chez les patients nouvellement infectés et à déterminer leur effet sur la persistance de la résistance et sur la ré-infection.

Il s’agit également de mettre au point une méthode pour le séquençage complet du génome du VIH afin de mieux caractériser les différentes souches que les regroupements de transmission en phase aiguë de l’infection ont permis de trouver.

Cette plateforme servira également à la mise au point d’un test ultrasensible pour la détection d’ADN proviral ainsi que d’un test pour mesurer la résistance du VHC aux inhibiteurs de protéase. Ce dernier permettra aux médecins d’assurer un meilleur suivi des patients infectés par le VHC.
 

Génomique du VPH

Méthodes novatrices d’analyse moléculaire du VPH, lesquelles s’appuient sur de nouveaux modes de prélèvement.

Cette plateforme vise la mise au point de méthodes pour le typage du VPH à large échelle par PCR consensus, pour l’analyse de polymorphisme viral des types autres que 16 et 18 par PCR-séquençage, et pour la mesure de la charge virale et de l’intégration des VPH oncogènes par PCR en temps réel.

Pour les cohortes du Réseau, ces méthodes serviront à définir les facteurs prédictifs de progression, de régression et de réponse au traitement. Elles serviront également dans le cadre des essais cliniques sur la co-infection par le VIH et le VPH.

Cette plateforme permettra également de constituer une banque de gènes E2 et E1 de VPH oncogène prélevés auprès de patients de la cohorte VIH-VPH et de femmes canadiennes infectées par le VIH.

Les résultats obtenus serviront à optimiser les stratégies de dépistage secondaire ainsi que les stratégies thérapeutiques en fonction de la réponse au traitement.
 

Pharmacinétique des antirétroviraux

Programme provincial visant le dosage des médicaments antirétroviraux (ARV).

Le Programme est doté d’un laboratoire avec spectromètre de masse en tandem pour la quantification des concentrations plasmatiques des ARV, d’un service d’interprétation des résultats sous la responsabilité d’une équipe de pharmaciens et d’une banque de données permettant l’extraction rapide de renseignements à des fins de recherche. Son mandat de recherche comprend la pharmacocinétique et la pharmacodynamique des ARV.